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上海分院是中国科学院的派出机构，负责联系和管理中国科学院在上海、浙江、福建地区的研究院所工作。上海分院各研究所学科领域广泛，在优势研究领域有着长期的积累：在物质科学与技术领域，包括同步辐射、核科学与核技术、高能量密度物理、有机化学与有机材料、无机非金属材料和金属材料、天体物理、天文地球动力学和技术方法等；在信息科学与技术领域，包括通信技术、微电子技术、光电子技术、激光技术、红外技术等；在生命科学与技术领域，包括生物化学与分子生物学、细胞生物学、神经生物学、植物生理学、分子遗传学、创新药物和生物技术、病毒学与免疫学、健康营研究等。